Отдел внутреннего контроля и мониторинга ведёт мониторинг исполнения Указов Президента Республики Узбекистан, Законов о высшем образовании Республики Узбекистан, указов и постановлений вышестоящих учреждений, указы министерств а также постановлений научного совета филиала. Ведёт мониторинг и контроль учебного, учебно-методического, культурно-просветительского, научно-исследовательского, повышения квалификации и переподготовку кадров, постановлений научного совета, приказов филиала и министерств, нормативно-правовых документов сферы образования.
Отдел обеспечивает своевременное и качественное предоставление информации Отделу мониторинга министерства и соответствующим управления об исполнении в филиале закона «Об образовании», «Национальной программы по подготовке кадров», постановлений Правительства об образовании, постановлений Министерства высшего и среднего специального образования.
Отделом руководит Мирзаева Зиёдахон.